Protein Data Bank (PDB) ファイルとは何ですか? Windowsで開く方法は？

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タンパク質データバンク (PDB) ファイルは、3 次元の生物学的データを保存するために使用されるファイル形式です。 PDB ファイルは、タンパク質、核酸、およびその他の生体分子に関するデータを保存するために一般的に使用されます。 PDB ファイルは、PyMOL や VMD などのソフトウェアを使用するなど、さまざまな方法で表示できます。 Windows 11 では、ファイルエクスプローラーに移動し、[表示] タブをクリックして、隠しファイルとフォルダーを表示するオプションを選択することで、PDB ファイルを開くことができます。これが完了すると、表示したい PDB ファイルを見つけることができるはずです。 PDB ファイルは、3 次元でのデータの視覚化と分析を可能にするため、生体分子を扱う科学者にとって重要なツールです。したがって、PDB ファイルを開いて表示する方法を理解することは、バイオインフォマティクスまたは計算生物学の分野で働くすべての人にとって重要なスキルです。

タンパク質データバンク (PDB) ファイル 分子構造を保存する 3 次元の分子ファイルです。このようなファイルを PC で開く方法を知りたい場合は、この投稿に興味を持ってください。ここでは、PDB ファイルについて詳しく説明し、Windows 11/10 でそのようなファイルを表示する方法について説明します。それでは、早速チェックしていきましょう！

Protein Data Bank (PDB) ファイルの表示

Protein Data Bank (PDB) ファイルとは何ですか?

タンパク質データバンク (PDB) は、タンパク質、核酸、およびその他の高分子の 3D 構造データのデータベースです。からのファイル GDP ファイル拡張子は基本的に、3D 生体分子の構造に関連するデータを含むファイルです。データには、原子座標、原子構造、原子結合性、タンパク質構造、核酸構造などが含まれます。また、実験的なメタデータも含まれています。

このファイル形式は、バイオインフォマティクスでタンパク質座標を交換するために広く使用されています。タンパク質の構造を説明する何千もの行が含まれています。現在、Windows PC で PDB ファイルを読み取りまたは表示する場合は、専用のサードパーティツールを使用する必要があります。そのためのネイティブアプリはありません。この投稿では、Windows 11/10 で PDB ファイルを表示するさまざまな方法について説明します。

Windows 11 で Protein Data Bank (PDB) ファイルを表示するには?

Windows 11/10 で Protein Data Bank (PDB) ファイルを表示するには、次の 2 つの方法があります。

PDB ファイルを表示するには、フリーソフトウェアを使用します。
PDB ファイルを読み取るための無料のオンラインツールをお試しください。

1] PDBファイルを表示するには、フリーソフトウェアを使用してください。

PDB ファイルを開いて表示できるサードパーティの Windows ソフトウェアを使用できます。試用できる Windows 用の無料のデスクトップアプリがいくつかあります。ここにあなたが使うことができるいくつかの良いものがあります:

IQモル
スイス-PdbViewer
クモール
分子
ラスモル

A] IKmol

IQmol は、Windows 11/10 用の無料でオープンソースの分子エディターおよび可視化ソフトウェアです。これを使用すると、PDB だけでなく、MOL、SMI、CUBE、XYZ などの他のさまざまな 3D 分子ファイルを表示できます。このソフトウェアでは、すべての重要な分子可視化ツールを見つけることができます。これらのツールは、基本的なものから高度なものまでさまざまです。 PDBファイルを閲覧するだけでなく、分子構造を編集することもできます。

複数の PDB ファイルを同時に開き、それらすべてを同時に表示することができます。モデルビューパネルでは、1 つまたは複数の PDB ファイルのレンダリングを有効または無効にできます。

IQmolの主な特徴:

この無料でオープンソースの PDB ファイルビューアーの特徴は次のとおりです。

ズームイン/ズームアウト (マウスホイールを使用)、パン、回転、全画面表示、ビューのリセット、軸の表示など、すべての標準的なファイルブラウジングツールを見つけることができます。
シェーダー、環境光、拡散、フォグ強度、ハイライト、ノイズ強度、POV-Ray パラメーターなどのパラメーターを編集して、モデルの外観をカスタマイズできます。
原子質量、部分電荷、NMR、スピン密度などの原子ラベルを追加することもできます。
これにより、カメラの設定を好みに合わせてカスタマイズできます。カメラの投影、位置などを調整できます。
便利な 自動回転 分子モデルを自動で回転させる機能。
現在のタンパク質構造表現を PNG、PPM、BMP、JPG、PS、EPS などの画像形式で保存できます。
また、「名前を付けて保存」機能を使用して、PDB を他の分子ファイルに変換することもできます。サポートされている出力形式: XYZ、MOL、MOL2、CML など
あなたもそれを使用することができます計算計算する関数 分子構造エネルギー、力、PES スキャン、遷移状態、化学シフト、幾何学、分解エネルギー、BSSE 補正、 等々。

関数の表示に加えて、一連の分子構築関数を含む特別なビルドメニューが表示されます。これらの機能には、新しい原子の追加、新しい分子の挿入、構造の最小化、同位体の設定などが含まれます。

これは、PC 上で Protein Data Bank ファイルを視覚化できる、非常に優れた分子モデリングソフトウェアです。気に入ったらダウンロードここから .

見る： Chem4Word は、Microsoft Word 用の化学アドインです。 .

B] スイス-PdbViewer

Swiss-PdbViewer は、Windows 11/10 用の特別な無料の PDB ファイルビューアーです。複数のタンパク質構造を同時に視覚化し、分析することができます。 PDBファイルに含まれるタンパク質の構造、DNAの構造などを解析できます。 PDB ファイルとは別に、MOL および MMCIF ファイルを開いて表示することもできます。

PDB ファイルを開くと、3D ビューがコントロールパネルウィンドウと共にインターフェイスに表示されます。コントロールパネルには、一般情報、リスト、およびファイルタイトルが含まれています。構造の移動、回転、ズームイン/アウトなどを簡単に行うことができます。

また、好みに応じて、ドットサーフェス、ベース、水素結合、力ベクトルなどを表示または非表示にすることもできます。構造をよりよく分析するために、さまざまな配色でさまざまなパーツを強調表示することもできます。さらに、Render in Solid 3D、Render POV、Display Labels などの表示機能を使用できます。

視覚化ツールに加えて、多くの分子モデリング機能も利用できます。さらに、エネルギー計算、水素結合計算、ドメイン分析、ドメイン検出、3D モチーフ作成、結晶学的対称性構築、およびその他のツールも備えています。

からダウンロードできます。オフィシャルサイト .

読む： Windows 11/10 向けの最高の無料電力分析ソフトウェア。

C] Qモル

クモール Windows 11/10 用のもう 1 つの無料の PDB ビューアーです。 PDBファイルを閲覧できる高分子構造可視化ツールです。開いて表示できるその他のファイルは、DX、MAP、MTZ、CNS などです。

パースペクティブビューと正投影ビューの切り替え、モデルの回転、ズームイン/アウトなどを行うことができます。POV-Ray とそのアニメーションレンダリングメソッドを使用してモデルをレンダリングできます。レンダリングされた構造は、PNG 形式で保存できます。モデルの距離、角度、およびねじれを測定できる測定ツールも使用できます。

タンパク質構造をさらに分析するための追加ツールもいくつかあります。これらのツールには、 分子重ね合わせ、モル面カッター、モル面生成、モル結合エディタ、相互作用解析、モルモーフアニメーション、 等々。

PDB ファイルに存在するタンパク質構造を視覚化および分析するための優れたソフトウェアです。

見る： .LIT オプション # Windows で LIT を EPUB または MOBI に変換するには?

メールバックアップソフトウェア

D] 分子

このリストの次の PDB ビューアソフトウェアは Molekel です。これはかなり古いですが、PDB ファイルを開いて表示できる強力な分子可視化ソフトウェアです。タンパク質の構造を分析できる分子の可視化ツールや分析ツールは数多くあります。

分子、原子、結合、残基などの表示をカスタマイズできます。Ball & Stick、CPK、Hemisphere、SoSphere、Full Sphere、Cylinder、SoCylinder、Semicylinder など、それぞれに異なる表示タイプを選択できます。 Wire、Stick、Linear Tape など。さらに、3D ビューのプロパティを調整したり、バウンディングボックスの表示/非表示を切り替えたり、シェーダーを使用したりできます。PDB ファイルの表面の電子密度を変更して表示できます。構造に、溶媒に利用可能な表面を追加します。

発見できる アニメーション 分子の構造のアニメーションを再生する関数。また、適切なツールを備えた特別な「分析」メニューもあります。解析ツールを使用すると、構造のグリッドデータ、回転密度、分子静電ポテンシャル、発光スペクトル、距離、角度などを特定できます。

また、PDB ファイルをさまざまなファイル形式に変換することもできます。これらの形式には、PDF、PS、EPS、および画像が含まれます。気に入ったらゲットできるここ .

読む： Complete Anatomy App は、Windows でダウンロードする価値があります。 .

E]ラスモール

RasMol を使用して、Windows 11/10 で PDB ファイルを表示することもできます。これは、分子構造を視覚化および分析できる無料のオープンソースソフトウェアです。また、MOL、XYZ、CIF、MOPAC などの他のファイルを開いて表示することもサポートしています。

構造をフレーム、ワープ、ロッド、リボン、ストランドなどとして表示できます。構造のさまざまな部分をさまざまな色で強調表示することもできます。また、好みに応じて、水素原子、ヘテロ原子、影、ラベルなどを表示または非表示にすることもできます。また、構造物の距離、ねじれ、角度、およびその他の値を測定することもできます。

このソフトウェアが利用可能ですここ .

見る： Windows 用の最高の無料 3D 人体解剖学ソフトウェア。

2] PDB ファイルを読み取る無料のオンラインツールを試してみてください。

無料のオンラインツールを使用して、PDB ファイルを開いて表示することもできます。 Web ブラウザーで Web サイトを開き、PDB ファイルをダウンロードして表示するだけです。以下は、試すことができる優れた無料のオンライン PDB ビューアです。

RCSB PDB
モルソフト

A] RCSB PDB

Windowsは診断ポリシーサービスを開始できませんでした

RCSB PDB と呼ばれるこの無料のオンラインツールを使用して、Protein Data Bank ファイルを視覚化できます。 PDB ファイルをインポートして、その分子構造を視覚化および分析できます。

ズーム、回転、高度なポートビューの切り替え、カメラのリセット、選択モードの切り替えなど、いくつかの基本的な視覚化機能を見つけることができます。また、いくつかの設定を調整したり、カメラモード (視点または正投影)、背景色などのオプションを制御したりすることもできます。 /オフ。オクルージョンを無効にし、フォグ、クリッピング、位置などを有効/無効にします。

付属しています アニメート 関数。これを使用すると、タンパク質構造を自動的に回転させることができます。これで、回転速度と角度を調整できます。また、専用の測定その中のツール。このツールを使用すると、距離、向き、角度などの複数の値を見つけることができます。

これらの機能に加えて、構造モチーフの検索、コンポーネントの追加、アニメーションのエクスポート、ジオメトリのエクスポート (STL、OBJ など)、およびモデルのエクスポートなど、いくつかの便利なツールが利用できます。

全体として、これは優れた視覚化ツールのセットを備えた非常に優れた無料のオンライン PDB ビューアーです。あなたが試すことができますここ .

B]モルソフト

Molsoft は、PDB 構造を視覚化するために使用できるもう 1 つのオンラインツールです。これは、基本的な機能を備えたシンプルな PDB ファイルビューアーです。まず、それを開きます Webサイト 3レーンメニューオプションをクリックします。その後、[開く] オプションを選択して、ローカルに保存された PDB ファイルをインポートするか、Google ドライブからファイルをアップロードします。ファイルを選択すると、ビューアに分子構造が表示されます。

さまざまな表示モードを使用して、構造を視覚化できます。これらのビューには、ワイヤーフレーム、クレアチンホスホキナーゼ (CPK)、ボールとロッド、リボンなどが含まれます。これらの表示モードは、要件に合わせて簡単に切り替えることができます。さらに、構造をよりよく理解するために、原子ラベル、残基ラベル、水素結合、およびサイトを有効または無効にすることができます。

また、測定ツールも提供します。モデル内の距離、平面角度、およびねじれ角度を測定できます。また、原子の種類、鎖、配列、二次構造などで構造を色分けできる便利な Color by 機能が用意されています。

これは、無料で試すことができるもう 1 つの優れたオンライン PDB ファイルビューアーです。

Protein Data Bank から PDB ファイルをダウンロードするには?

Protein Data Bank から PDB ファイルをダウンロードするには、Protein Data Bank の Web サイトにアクセスし、ヒトヘモグロビン、キチナーゼなどのタンパク質または高分子の名前を入力して検索します。次に、検索結果からファイルを選択し、ダウンロードオプションを使用して、PDB ファイルをダウンロードします。それと同じくらい簡単です。

PDB構造を表示するには?

PDB の分子構造は、専用のオンラインツールまたはソフトウェアアプリケーションを使用して表示できます。 IQmol、Swiss-PdbViewer、CueMol などのフリーソフトウェアを試して、PC 上で PDB 構造を視覚化および分析できます。オンラインツールを使用したい場合は、多くのオプションがあります。たとえば、RCSB PDB や Molsoft などの Web サービスを試してください。これらは、高度な分子の視覚化および分析ツールを提供する無料のオンライン PDB ファイルビューアーです。

PDBファイルをPDFに変換するには?

PDB ファイルを PDF に変換するには、Molekel という無料のデスクトップアプリケーションを使用できます。 PDBファイルをPDF形式に変換できる特別な「PDFに保存」オプションを提供します。 PDB ファイルを開き、[ファイル] > [PDF に保存] をクリックして、PDB を PDF に変換します。このソフトウェアについては、この投稿で詳しく説明しています。上記をご覧ください。

それで全部です。

今読んでください： Windows 用の最高の無料分子モデリングソフトウェア。